Pada masa pemerintahan Khalifah Saiyidina Uthman bin Affan r.a. Islam telah berkembang dengan luas meliputi Semenanjung Tanah Arab dan lain-lain wilayah termasuk Armenia, Arzabeijan dan Khurasan. Umat Islam di wilayah-wilayah tersebut telah mempelajari dan membaca al-Quran menurut kaedah-kaedah bacaan Rasulullah s.a.w. melalui riwayat bacaan para sahabat yang masyhur antaranya:
i. Penduduk Mekah dan Madinah mengambil kaedah bacaan dari Ubai bin Ka'ab, Zaid bin Thabit dan Saiyidina Umar bin al- Khattab r.a
ii. Penduduk Syam mengambil kaedah bacaan daripada Saiyidina Uthman bin Affan dan Abu Darda' r.a.
iii. Penduduk Basrah mengambil kaedah bacaan dari Saiyidina Umar bin al-Khattab, Ubai bin Ka'ab, Zaid bin Thabit, Saiyidina Uthman bin Affan, Saiyidina Ali bin Abi Talib dan Abu Musa al-Asha' ari r.a.
iv. Penduduk Kufah mengambil kaedah bacaan daripada Abdullah bin Mas'ud, Saiyidina Ali bin Abi Talib, Saiyidina Uthman bin Affan, Ubai bin Ka'ab dan Zaid bin Thabit r.a.
Pada tahun 25 Hijrah, satu perbalahan yang hebat telah berlaku di kalangan muslimin mengenai perbezaan kaedah bacaan dan seterusnya perselisihan dari segi riwayat pembacaan al- Quran.
Keadaan yang tidak begitu sihat ini telah disampaikan oleh seorang sahabat yang bemama Huzaifah bin al- Yaman kepada Khalifah Saiyidina Uthman bin Affan. Huzaifah telah mencadangkan supaya Khalifah Saiyidina Uthman r.a. mencari jalan untuk menyatukan kaum muslimin dengan cara menyelaraskan mushaf agar tidak berlaku lagi perbalahan dan perselisihan
tersebut. Khalifah Uthman bin Affan r.a. telah membentuk satu Jawatankuasa Penulisan Al-Quran yang diketuai oleh Zaid bin Thabit r.a. dan dibantu oleh beberapa orang anggota yang lain yang terdiri dari Abdullah bin Zubair, Said bin al-' As dan Abdul Rahman bin Harith bin Hisyam r.a.
Lembaran-lembaran suhuf al-Quran yang diambil dari simpanan Saiyidatina Hafsah binti Umar r.a. untuk dijadikan mushaf. Ketika ahli-ahli Jawatankuasa ini menjalankan tugas, Saiyidina Uthman bin Affan memberi nasihat dan meletakkan panduan bahawa asas rujukan di dalam penulisan al-Quran ini hendaklah berdasarkan bacaan para Qurra'. Jika terdapat perbezaan
pada bacaan mereka, maka hendaklah ditulis mengikut bahasa orang-orang Quraisy kerana al- Quran itu diturunkan menurut bahasa Quraisy.
Menurut pendapat yang muktamad, Jawatankuasa tersebut telah menyusun dan menyalin sebanyak enam mushaf al-Quran. Sebuah mushaf untuk kegunaan Saiyidina Uthman bin Affan r.a. sendiri yang dinamakan "Mushaf al-Imam" dan mushaf yang lain dikirimkan ke Mekah, Syam, Basrah, Kufah dan Madinah.
Mushaf tersebut bukan sahaja dijadikan rujukan tunggal bagi penduduk di wilayahwilayah
berkenaan, bahkan dihantar bersama-samanya seorang imam (qari) yang adil dan
mutqin" di dalam bacaan al-Quran untuk mengajar penduduk berkenaan. Mereka terdiri
daripada:
i. Abdullah bin al-Saaib r.a. ke Mekah.
ii. AI-Mughirah bin Abi Syahab r.a. ke Syam.
iii. Abdul Rahman Abdullah bin Habib al-Sulami r.a. ke Kufah.
iv. Amru bin Qais r.a. ke Basrah.
v. Zaid bin Thabit r.a. di Madinah.
Selepas itu, Saiyidina Uthman bin Affan r.a. memerintahkan supaya semua lembaran al-Quran
yang ditulis sebelum ini dikumpulkan untuk dibakar atau dilupuskan. Walau bagaimanapun,
perbezaan bacaan (تاءارقلا هججو) yang ada hingga sekarang ini tidaklah berlawanan dengan apa
yang terdapat di dalam mushaf yang ditulis pada zaman Khalifah Uthman bin Affan r.a. kerana
bacaan itu telah diterima dari Baginda Rasulullah s.a.w. secara mutawatir.
Usaha-usaha pengumpulan al-Quran yang dilakukan pada zaman Khalifah Uthman bin
Affan telah mendatangkan faedah yang besar kepada umat Islam terutamanya dari segi:
i. Dapat menyelamatkan umat Islam dari perpecahan.
ii. Dapat menyelesaikan perselisihan kaum muslimin tentang penulisan al-Quran.
iii. Dapat menyatukan bentuk mushaf yang seragam melalui ejaan dan tulisan.
iv. Dapat menyatukan wajah-wajah qiraat melalui satu mushaf.
v. Dapat menyelaraskan susunan surah-surah menurut tertib seperti yang ada sekarang ini.